Równie ważną jak troska o odpoczynek naszych Gości jest opieka duchowa.
W domu rekolekcyjnym Alma Mater zapewniamy stałą opiekę duszpasterską dla wszystkich Gości. Grupy zorganizowane, które nie mają własnego kapłana mogą liczyć na posługę i opiekę duszpasterską. Zapewniamy towarzyszenie duchowe uczestnikom rekolekcji indywidualnych i zorganizowanych. Podczas pobytu można skorzystać z posługi sakramentu pokuty i pojednania, z kierownictwa duchowego, rozmowy.
Na terenie domu Alma Mater do dyspozycji Gości oddajemy kaplicę domu zakonnego, kaplicę św. Eugeniusza, oratorium, wewnętrzny ogród. Na osobistą modlitwę można także udać się do przyklasztornego kościoła św. Jakuba z łaskami słynącym obrazem Matki Bożej Pocieszenia.